医院污水消毒是医院污水处理的重要工艺过程，其目的是杀灭污水中的各种致病菌。医院污水消毒常用的消毒工艺有氯消毒(如氯气、二氧化氯、次氯酸钠)、氧化剂消毒(如臭氧、过氧乙酸)、辐射消毒(如紫外线、γ射线)。

其中氯气消毒工艺中，最常见的设备有二氧化氯发生器、次氯酸钠发生器.

二氧化氯发生器在医院污水中起到了重要作用，此款设备分为：化学法二氧化氯发生器以及电解法二氧化氯发生器。化学法设备使用到的原料为盐酸和氯酸钠。而电解法使用的原料为工业盐。运行成本较低。简单操作，无需专人看管设备。

次氯酸钠发生器也是医院污水消毒常见的设备之一，次氯酸钠消毒最主要的作用方式是通过它的水解形成次氯酸，次氯酸再进一步分解形成新生态氧[O]，新生态氧的极强氧化性使菌体和病毒上的蛋白质等物质变性，从而致死病源微生物。其次，次氯酸在杀菌、杀病毒过程中，不仅可作用于细胞壁、病毒外壳，而且因次氯酸分子小，不带电荷，还可渗透入菌（病毒）体内，与菌（病毒）体蛋白、核酸和酶等有机高分子发生氧化反应，从而杀死病原微生物。再次，次氯酸产生出的氯离子还能显著改变细菌和病毒体的渗透压，使细胞丧失活性而死亡。